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注册顺风车车主后，保险公司是否会赔偿，取决于具体的保险条款和情况。
车主购买的保险是针对非盈利性质的运输行为的，而顺风车车主是以提供出行便利为目的的，可能会收取一定的费用，这就涉及到了盈利性质，部分保险公司的保险条款可能明确规定，如果车辆用于有偿运输，那么保险公司有权拒绝赔偿，如果车主只是注册了顺风车平台，并未从中获取盈利，且没有违反任何交通规则和保险条款，那么在发生事故时，保险公司仍然会进行赔偿，但如果车主以盈利为目的进行顺风车运营，那么可能无法获得保险公司的赔偿。
还需要考虑车主具体购买的是哪种保险类型，车主购买的车险是否涵盖了相关责任范围，具体情况应当结合保险合同和保险公司的具体规定进行分析。
注册顺风车车主后保险公司是否赔偿需要综合考虑多种因素，建议在购买保险或遇到相关事故时，及时咨询保险公司或专业人士的建议。